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使用计算机预测植物miRNA靶基因比较简单,因为在植物中miRNA与靶基因几乎还是以完全互补配对的方式结合,预测不需要复杂的算法。而预测动物miRNA靶基因则存在一定的困难,主要是目前已知的miRNA靶基因及其确切靶点不多,在算法编写时没有足够的已知样本可供参考。但是,miRNA与靶基因间的相互作用仍然具有一定的规律性。目前常规的算法主要遵循以下几个常用原则:(a)miRNA与靶基因的互补性;(b)miRNA靶位点在不同物种之间的保守性;(c)miRNA-mRNA双链之间的热稳定性;(d)miRNA靶位点不会有复杂的二级结构;(e)miRNA 5’端于靶基因的结合能力强于3’端。除了这些基本原则以外,不同的预测方法还会根据各自总结的规律对算法进行限制和优化。
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