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Tebu-Bio/BPS/Anti-cancer Drug library/-50ul/282L2150-50ul
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Tebu-Bio/BPS/Anti-cancer Drug library/-50ul/282L2150-50ul
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Tebu-Bio
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282L2150-50ul
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Productname
Anti-cancerDruglibrary
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L2150-25ul(-25ul)L2150-50ul(-50ul)L2150-100ul(-100ul)L2150-1mg(-1mg)L2150-250ul(-250ul)
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TargetMol
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Molecules
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Libraries
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RNA-protein interactions play important roles within the cell. Using a variation of the widely-used chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay, the potential a 查看更多>
Saghai-Maroof MA, Soliman KM, Jorgensen RA, & Allard RW (1984) PNAS 81:8014-8018DNA successfully isolated from fungal species of Cochliobolus, Aternaria, a 查看更多>
Paragon Genomics公司介绍产品列表|代理商整理 查看更多>
一、样品的浓缩  生物大分子在制备过程中由于过柱纯化而样品变得很稀,为了保存和鉴定的目的,往往需要进行浓缩。常用的浓缩方法 查看更多>
Preparation of salt buffersThe buffers are used for both HPLC purification and Sep-Pak purification.High salt buffer (HSB):1M triethylammonium acetate, pH 8.0 查看更多>
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血清热灭活―您是否在浪费时间?血清的热灭活是很多培养者感兴趣的话题,价格不菲的血清中含有诸如生长因子,维生素,氨基酸等珍贵物质,而将它们置于50℃以上的温度长达30分钟是完全没有必要的。尽管如此,在大多数实验室之中血清的热灭活还是作为常规来执行,多数实验者并没有考虑热处理对 查看更多>
SNP的检测知识:人类基因组中存在着广泛的多态性,最简单的多态形式是发生在基因组中的单个核苷酸的替代,即单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)。SNP通常是一种二等位基因的 查看更多>
MEMFA Fix10xMEMFA Salts1 part 10x MEMFA salts1 M MOPS1 part 37% formaldehyde20mM EGTA8 parts water10mM MgSO410x salts can be autoclaved and stored. Turns yello 查看更多>
Lysosome Isolation in Isotonic SucroseLEVEL I MATERIALS Rat liverPhysiological saline (0.85% w/v NaCl)0.25 M sucrose in 10 mM Tris-HCL, pH 7.4Brendler teflon h 查看更多>
DescriptionCell Staining for Senescence-Associated â-Galactosidase (SA-â-Gal) Activity Procedure1. Carefully remove the growth media from the cell 查看更多>
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请教一下:建立CDNA文库目前方法很多,试剂盒的种类也非常繁杂。我想用固相法来建立文库,即利用磁珠的吸附特性合成。但不清楚这样的操作是否容易控制反应条件?另外,这样作出的库容量是否能达到较高?磁珠的应用对库容的影响到底大不大?不知哪位高手做过这方面的实验,烦告知!不胜感激!
我们建立了一个CDNA文库,有8000多条有效的EST序列,希望用条已知序列对这个文库进行blast比对,以找出所有的相似序列。请问有什么现成的工具可以实现这个功能呢?

多谢了!

文库数据可以用excel表格打开,具体格式如下:
>zsbca0_007230.z1.scf
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
>zsbca0_001638.z1.scf
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
>zsbca0_010217.z1.scf
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
………………


各位大侠帮帮忙
指点一些关于全长CDNA文库构建的知识

看了一些论文和文章还是挺迷惑的,希望有人指点一下各个步骤有什么要注意的,难点是什么

cDNA文库构建过程中,由总RNA反转录得cDNA和走mRNA路线得cDNA有什么影响吗?
哪个公司的试剂盒比较好?
(我做的是苔藓植物)
mRNA模板经反转录酶催化体外反转录cDNA步骤应该与DNA复制程类似需要原料mRNA模板四脱氧核糖核苷酸逆转录酶能量注意:获DNA片段含非编码区序列专业答).构建cDNA文库:物细胞总mRNA模板用反转录酶合互补双链cDNA接载体转入宿主建立基文库cDNA文库1、mRNA提取及其完整性确定1)总RNA提取RNA提取:APGC或NP-40或应用试剂盒提取总RNA2)mRNA离高等真核物mRNA3'端均poly(A)尾总RNA通寡聚(DT)纤维柱离mRNA或利用磁珠制备纯mRNA某些情况裂解细胞用蔗糖梯度制备mRNA-核糖体复合物作提取mRNA替换途径3)mRNA纯化①按照总mRNA进行级主要用琼脂糖凝胶电泳蔗糖密度梯度离进行级;②聚核糖体免疫纯化利用抗体纯化合目肽4)mRNA完整性确定确定mRNA完整性三种:①直接检测mRNA;②测定mRNA转译能力;③检测总mRNA指导合cDNA第链能力2、cDNA合克隆1)cDNA第链合用亲层析mRNA根据mRNA3'端poly(A)尾结构原理用12~20核苷酸oligo(dT)与纯化mRNA混合oligo(dT)与poly(A)结合作反转录酶引物反转录反应产物条RNA-DNA杂交链oligo(dT)结合mRNA3'端合全cDNA需要反转录酶mRNA端移另端种全合难达尤其mRNA链建立种随机引物合cDNA随机引物种度6~10核苷酸由4种碱基随机组DNA片段与oligo(dT)仅与mRNA3'端结合同mRNA同位点结合随机引物合产物RNA-DNA杂交体cDNA克隆载体前必须种杂交体RNA转变DNA链即形双链DNA2).双链cDNA合合cDNA第二条链两种种利用cDNA第链3'末端现发夹环特征种发夹结构反转录酶第链末端返折并且进行复制第链结合cDNA第二链提供用引物用种合双链cDNA端发夹环用单链特异S1核酸酶切S1核酸酶处理修剪cDNA顺序使cDNA丢失mRNA5'端部顺序另种用肠杆菌RNaseH进行修饰RNaseH能识别RNA-DNA杂交并其RNA切割短片段些RNA短片段仍与cDNA第链结合新合DNA所取代新合DNA存切口用DNA连接酶些切口连接起形条完整DNA链RNaseH优于S1核酸酶能获包括mRNA5'端全部或绝部更顺序cDNA3)cDNA重组载体合cDNA与载体DNA进行连接般3种:①借助于末端转移酶3'-OH端合均聚物能力双链cDNA线性化载体DNA3'-OH端别加均聚核苷酸链;②双链cDNA线性化载体DNA别用Klenow片段进行末端补平用T4DNA连接酶进行齐连接形重组体;③通粘性末端连接4).转化重组载体DNA定条件转化入肠杆菌形携带质粒菌株同重组DNA含同cDNA基整转化含自mRNA群体各种cDNA基转化群体构该mRNA全部遗传信息cDNA基文库5).目cDNA克隆鉴定用于cDNA文库筛选鉴定目cDNA主要3种:①核酸杂交②免疫杂交检测③cDNA同胞选择
如题!新开设SSH/全长CDNA文库子版。
凡有关抑制性差减杂交和全长cDNA文库构建的贴子,请发此子版!!
基因的表达是DNA-RNA-蛋白,期间有转录水平调控、转录后调控、翻译后调控等多种调控机制影响该基因的表达.所以蛋白水平高低的原因就可能是多方面的.蛋白表达多,可能是mRNA多,也可能mRNA变化不大,而是翻译多了;蛋白表达少,原因亦然.从2个水平检测一个基因的表达,可以更全面地了解该基因在该组织某个时期或某种条件下的变化受到什么水平的调控.
cDNA文库需要由总RNA反转录而来,cDNA文库的构建需要反转录法。反转录紧紧是一种方法,cDNA文库是一种资源。

来源:生物谷2016-02-2610:26

2016年2月26日讯/生物谷BIOON/--药物的发现是一项非常艰巨的工作,其需要化学家们从数百万种化合物中筛选最终寻找最适合的那一个,而DNA技术或许就可以明显加速药物的发现之旅。

在麻省沃尔瑟姆市一个普通混凝土楼房二楼的实验室冰箱中保存着一个具有明确标识的检测管,该管中含有天文学数字尺度那么多的混合物,而这些众多的化合物属于制药公司葛兰素史克(GSK)所有,其中包含有1万亿个特殊的DNA标记的分子,其数量是银河系中行星数量的10倍。

这些文库可以帮助制药公司和生物技术公司快速鉴别出可以和疾病蛋白配对的候选药物,尤其是那些很难靶向作用的参与疾病的特殊蛋白质;药物的发现通常都从科学家们开始组装大量的化合物文库开始,随后研究者就会检测这些化合物靶向作用蛋白的效力,这些化合物通常会被加入到每一个包含靶点的孔中来观察是否化合物是否会影响这些靶点的活力,这种方法称之为高通量筛选(high-throughputscreening,HTS),其通常是利用机器人设备自动化地对数百万种化合物进行检测,但目前这种技术的花费非常昂贵,而且有时候并不总是会成功。

过去一些年里,药物化学家已经通过利用条形码样的DNA来对化合物进行标记从而帮助发现更加有用且有效的化合物,这些DNA编码的文库通常会提供多种药物寻找的优势;这样一来研究者们就会将所有DNA标记的分子置于单一的混合制剂中,随后引入靶向蛋白,这样一来结合靶向蛋白的任何一种化合物就会被轻松鉴别出来,而这都得感谢DNA条码的帮助。1992年科学家们首先提出DNA编码文库,DNA编码文库并不会取代高通量筛查技术,很多制药公司目前已经重金投资到了HTS中,而且利用DNA编码技术有时候并不能合成一些化合物,但相比较而言DNA编码技术却会为科学家们提供一种快速、高效且廉价地寻找结合靶点的化合物的技术,比如泛蛋白连接酶,其会对蛋白进行标记并进行处理,同样也可以在癌症疗法中被靶向标记。

大即是美(Bigisbeautiful)

当前GSK公司拥有世界上最大的DNA编码文库(DNA-encodedlibrary),该文库是一般公司200万化合物高通量筛查文库的50万倍。构建DNA编码文库有很多种方法,最大的一种,就像GSK公司的,其是通过利用DNA记录的方法来进行的。化学结构单元,比如氨基酸、胺类和羧酸类,其都可以被合成同时通过化学反应被标记以“DNA条形码”,第二种结构元件就会加入到反应混合物中从而制造一种新分子,同时DNA条形码就会被加长;通过加入四种元件,化学家们就可以开发出药物样的分子,由于存在数千种的结构元件,因此潜在的组合将会是非常巨大的。

相比常规的HTS文库而言,DNA编码文库非常容易维护且使用,一种DNA编码文库可以被储存于单一的检测管中,而HTS文库则需要机器人设施,而相应的设施需要足够大才可以储存每一种化合物。

未来DNA编码文库不仅将会更大更加广泛,而且还会提供很多机会帮助快速应用于临床中去,随着常规筛查的进行,药物化学家们有时候不得不花费数年时间来调节化合物使其变得特殊且安全地用于临床中。相比之下,大尺寸的DNA编码文库意味着科学家们可以寻找到更加适合临床使用的化合物,尽管有些化合物仍然需要优化,但至少科学家们距离成功已经很近了。

其它生物技术公司也相继表示对DNA编码文库非常感兴趣,这些公司不仅利用DNA标签来鉴别特殊化合物,而且以其作为模板来制造新的DNA标签,DavidLiu是来自哈佛大学的一位化学家,他的学生开发出了一种“DNA-模板”方法,同时利用该方法构建了特殊环状分子的文库(macrocycle,包含15个原子以上的大环),这些大型稳定的环状分子可以在多个位点同靶点相互作用,从而增强结合反应的特异性。(GSK和X-Chem公司的DNA编码文库中拥有大量的macrocycle分子)。

首先Liu开发了一种单链DNA模板作为向导,随后将DNA标记的结构元件加入到反应器中,依赖于DNA碱基配对,在物理性上将标记的结构元件从一个结合到另一个,最终的反应就会将线性的结构元件转化成为环状的macrocycle分子,而每一个该分子都会被限制成为特殊的DNA条形码。目前Liu的团队构建的包含14000个大分子的文库已经带来了部分成功,2014年,他们就报道发现了一种特殊稳定的小分子可以有效阻断胰岛素降解酶类(IDE),该酶和2型糖尿病直接相关,为此研究者们还准备研究IDF在健康和疾病中所扮演的角色。

甜蜜的筛选(SweetScreens)

一旦文库建成,下面的乐趣就是鉴别可以吸附靶点的分子了;很多研究依赖于“亲和筛选”来寻找目的化合物,正因为如此他们工程化操作蛋白质使其靶向作用一系列纯化的标签,随后利用纯化标签离开结合对,并且通过包含文库的混合体,最后一步就是利用DNA测序仪来阅读和小分子相关的DNA标识符,这种方法最终就会产生大量的靶向蛋白。但基于亲和的方法往往尤其不足之处,“笨拙”的DNA标记有时候反而会阻碍其同靶点的反应,同时就会使得很多潜在的候选化合物流失,但因为DNA编码文库非常巨大,因此这些损失通常情况下可以被忽略不计;然而有问题的是小分子和其标签通常会结合到纯化柱上,这样就会产生假阳性的结果,纯化的标签也会被靶向蛋白的结构所干扰,从而引入不可靠的数据。

当然很多公司都相继解决了上述问题,Vipergen公司就是其中一个,该公司拥有5000万个分子的DNA模板文库,它们也希望开展这项浓缩的策略;公司的行政总裁NilsHansen表示,试想一下,我们可以冻结蛋白混合物文库并且将其切割成为非常小的小方冰块,如果这些冰块足够小,每一个都包含有单一的靶向蛋白,那么在这个尺寸下进行靶点结合的小分子就会在包含靶点的小方冰块中进行持续过度反应。

当前利用游离漂浮的可溶性蛋白进行DNA编码文库的筛选非常好,但很多潜在的药物靶点都嵌合到了细胞表面,这就使得利用传统的亲和筛查技术变得不太可能,比如大约有40%的被批准的药物都可以靶向作用膜结合的G蛋白偶联受体,因为这些受体分子通常在细胞外部感知分子的存在,为此筛选膜结合蛋白的技术就必须更新换代。其中一种方法就是将DNA编码的文库同完整的可以过度表达膜结合靶点的细胞混合,随后小型分子就会在细胞表面同靶点进行结合;当研究者冲洗掉未结合的文库后,他们就可以通过加热细胞并且阅读被洗脱的DNA标签来鉴别出结合小型分子;在这一方面GSK公司已经利用该方法鉴别出了一系列潜在的受体抑制剂,这些受体参与到了精神分裂症及中枢神经系统障碍的发病中。

当然X-Chem公司也开始看到了进行膜结合蛋白筛查的商机,Wagner表示,从历史观点上来讲,我们的程序主要还是利用可溶性的蛋白,但考虑到最近数据的转变我们已经开发出了相对困难的膜结合蛋白。

未来DNA编码文库的规模还会扩大,而且新型的筛选方法也会打开未知的生物空间,DNA编码文库也将会成为帮助制药公司探索发现新药的支柱之一。(生物谷Bioon.com)

CDNA文库筛选 实验方法 123
小柒pfum2021-07-22
1 核酸杂交
用,靠.规模析文库克隆.
1)同源探针:至少含所需cDNA克隆部确切序列.用于部克隆离cDNA文库全克隆.
2)部同源探针:探针序列与所要筛选cDNA克隆序列相关相同.用于克隆家族基.
3)总cDNA探针:
通反转录酶均匀掺入放射性核苷酸或通总或级离poly(A)+mRNA进行末端标记获cDNA探针.
cDNA扣除探针:
第种mRNA制备cDNA探 针, 连续与20倍量第二种mRNA杂交;
收未杂交cDNA探针, 再与100倍量第种mRNA杂交, 使原mRNA些特异序列高度富集.
* 主要用于探测cDNA文库与调节水平所差别mRNA克隆.
5)合寡核苷酸探针
2 特异性免疫检测
cDNA表达文库,目基表达产 物能与特异性抗体发免疫反应,通酶加检测
3 cDNA克隆同胞检测
cDNA文库若干组含10-100克隆易于处理亚cDNA文库,每组亚cDNA文库进行检测,鉴定阳性库再断其更细库进行检测,直获阳性单克隆.
4 cDNA克隆确证
cDNA克隆含编码某特定蛋白质完整氨基酸序列放读框.
第四节 目基离
外源基:
插入载体内特定片段基.
目基:
些已或者准备要离,改造,扩增或表达特定基或DNA片段.图" class="ikqb_img_alink">
不知道大家做过人的retina的CDNA文库构建吗?
我从未做过,不知道以下四种:
StandardcDNALibraries
LargeinsertcDNALibraries
NormalizedcDNALibraries
SubtractedcDNALibraries
其中StandardcDNALibraries和NormalizedcDNALibraries,SubtractedcDNALibraries有啥区别阿?
我只是想构建文库,以后可以用来做southern的probe,或者以后可以拿来做做蛋白方面的等等。
还有两个问题:
1.大家cDNA文库构建的时候都是先直接提取mRNA的吧?大家推荐以下用什么kit?
2.先提取总RNA然后再提取mRNA;直接从组织中提取mRNA.这两者有什么主要区别?
不好意思,如果提的问题是有错误,多多包涵。。。
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