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DNA合成RNA需要转录酶，RNA合成DNA需要逆转录酶

大家都知道，提取RNA的时候，去除RNA酶污染，有时候是非常关键的。好多情况下，我们都是在用DEPC，但是DEPC有毒，又容易和Tris试剂中的巯基反应，没办法配制Tris试剂。
我看到过一些资料好像是说氢氧化钠配制的溶液也可以去除RNA酶，按照道理来讲，高浓度的碱可以使得蛋白变性，自然也可以使得RNA酶变性。
然后我试了试，我配制1Mol/L的氢氧化钠,这个浓度已经很高了，用配制的氢氧化钠去处理了一些吸管，烧杯，提取过程中要用到的东西。然后我又用无RNA酶水（这个实验室以前配制了不少）泡了泡这些氢氧化钠处理过的吸管烧杯之类的东西。自然，我也提取RNA试了试，似乎却没有成功。我发现最后提取的RNA浓度低，仅仅为20纳克/微升。虽然A260/A280，比值能到1.98，还不错。但是浓度很低。我跑电泳就能够猜到，没有看出来有条带。自然我后面做pcr的actin也没有结果。
虽然我这次用到的组织样，可能很少，只有小指甲的三分之一，但对于是否提取出来了RNA，我依然产生了怀疑。
幸亏我是做一个植物标本，我还有无限制的样本可以让我折腾。因此我想问的是，NaOH到底能不能去除RNA酶污染。
如果可以，该怎么用。该怎么用，该怎么用。

DNA连接酶：主要是连接DNA片段之间的磷酸二酯键，起连接作用，在基因工程中起作用。
DNA聚合酶：催化脱氧核苷酸之间的聚合反应。主要是脱氧核苷酸之间的磷酸二酯键，在DNA复制中起做用。
DNA聚合酶只能将单个核苷酸加到已有的核酸片段的3′末端的羟基上，形成磷酸二酯键；而DNA连接酶是在两个DNA片段之间形成磷酸二酯键，不是在单个核苷酸与DNA片段之间形成磷酸二酯键。
DNA聚合酶是以一条DNA链为模板，将单个核苷酸通过磷酸二酯键形成一条与模板链互补的DNA链；而DNA连接酶是将DNA双链上的两个缺口同时连接起来。因此DNA连接酶不需要模板。
RNA聚合酶（又称RNA复制酶、RNA合成酶）的催化活性：RNA聚合酶以完整的双链DNA为模板，转录时DNA的双链结构部分解开，转录后DNA仍然保持双链的结构。真核生物RNA聚合酶：真核生物的转录机制要复杂得多，有三种细胞核内的RNA聚合酶：RNA聚合酶I转录rRNA，RNA聚合酶Ⅱ转录mRNA，RNA聚合酶Ⅲ转录tRNA和其它小分子RNA。在RNA复制和转录中起作用。 1．模板RNA的转录合成需要DNA做模板，DNA双链中只有一股链起模板作用，指导RNA合成的一股DNA链称为模板链（template strand）或称反义链（antisense strand），与之相对的另一股链为编码链（coding strand）或称有意义链（sense strand），不对称转录有两方面含义：一是DNA链上只有部分的区段作为转录模板（反义链或模板链），二是模板链并非自始至终位于同一股DNA单链上。
2．RNA聚合酶转录需要RNA聚合酶。原核生物的RNA聚合酶由多个亚基组成：α2ββ'称为核心酶，转录延长只需核心酶即可。α2ββ'σ称为全酶，转录起始前需要σ亚基辨认起始点，所以全酶是转录起始必需的。真核生物RNA聚合酶有RNA-polⅠ、Ⅱ、Ⅲ三种，分别转录45s-rRNA; mRNA（其前体是hnRNA）；以及5s-rRNA、snRNA和tRNA。
3．模板与酶的辨认结合
转录模板上有被RNA聚合酶辨认和结合的位点。在转录起始之前被RNA聚合酶结合的DNA部位称为启动子。典型的原核生物启动子序列是-35区的TTGACA序列和-10区的Pribnow盒即TATAAT序列。真核生物的转录上游调控序列统称为顺式作用元件，主要有TATA盒、、CG盒、上游活化序列（酵母细胞）、增强子等等。和顺式作用元件结合的蛋白质都有调控转录的作用，统称为反式作用因子。反式作用因子已发现数百种，能够归类的称为转录因子（TF），相应于RNA-polⅠ、Ⅱ、Ⅲ的是TFⅠ、TFⅡ、TFⅢ。TFⅡ又有A、B、C、D、E、F多种及其亚类。
基本概念：
1．不对称转录：两重含义，一是指双链DNA只有一股单链用作转录模板（模板链）；二是对不同基因同一单链上某些区段作为模板链而另一些区段作为编码链，即模板链并非永远在同一单链上。
2． 编码链：DNA双链上不用作转录模板的那一段单链，因其碱基序列除由T代替U而外，其他与转录产物mRNA序列相同而得名。
3．σ（sigma）因子：原核生物RNA聚合酶全酶的成份，功能是辨认转录起始区，这种σ因子称σ70，此外还有分子量不同，功能不同的其他σ因子。
基本要求：掌握转录与复制的区别，转录的不对称性，原核生物的RNA聚合酶的组成及各亚基的功能，真核生物RNA聚合酶的分类、性质及功能，原核生物启动子的结构特点，了解真核生物RNA聚合酶的组成，研究转录起始区的方法。 1．转录起始：转录的起始就是生成由RNA聚合酶，模板和转录5'端首位核苷酸组成的起始复合物。原核生物RNA5'端是嘌呤核苷酸（A、G），而且保留三磷酸核苷的结构，所以其起始复合物是：pppG-DNA-RNA聚合酶。
真核生物起始，生成起始前复合物（PIC）。例如RNA-pol-Ⅱ转录，是由各种TFⅡ相互辨认结合，再与RNA聚合酶结合，并通过TF结合到TATA盒上。
2． 转录延长：转录的延长是以首位核苷酸的3'-OH为基础逐个加人NTP即形成磷酸二醋键，使RNA逐步从5'向3'端生长的过程。在原核生物，因为没有细胞膜的分隔，转录未完成即已开始翻译，而且在同一DNA模板上同时进行多个转录过程。电镜下看到的羽毛状图形和羽毛上的小黑点（多聚核糖体），是转录和翻译高效率的直观表现。
3．转录终止：转录的终止在原核生物分为依赖Rho因子与非依赖Rho因子两类。Rho因子有ATP酶和解螺旋酶两种活性，因此能结合转录产物的3'末端区并使转录停顿及产物RNA脱离DNA模板。非依赖Rho因子的转录终止，其RNA产物3'-端往往形成茎环结构，其后又有一串寡聚U。茎环结构可使因子聚合酶变构而不再前移，寡聚U则有利于RNA不再依附DNA模板链而脱出。因此无论哪一种转录终止都有RNA聚合酶停顿和RNA产物脱出这两个必要过程。真核生物转录终止是和加尾（mRNA的聚腺昔酸poly A）修饰同步进行的。RNA上的加尾修饰点结构特征是有AAAUAA序列。
基本概念：
1．转录起始前复合物 (pre-initiation complex,PIC)：是真核生物转录因子与RNA聚合酶一同结合于转录起始前的DNA区域而成的复合物。
2．加尾修饰点：真核生物mRNA转录不是在mRNA的位置上终止，而是在数百个核苷酸之后，研究发现在编码链读码框架的3'端之后，常有一组共同序列AATAAA，再下游还有相当多GC的序列，这些序列称为加尾修饰点，转录越过修饰点后，mRNA在修饰点处被切断，随即加入polyA。
3．Rho因子：是原核生物转录终止因子，有ATP酶和解螺旋酶活性。转录终止也可不依赖Rho因子。
三．真核RNA的转录后加工
1．mRNA转录后加工
真核生物转录生成的RNA，多需经加工后才具备活性，这一过程称为转录后修饰，mRNA转录后修饰包括首、尾修饰和剪接。加尾修饰是和转录终止同步的，5'端修饰主要是指生成帽子结构，即把5'-pppG转变为5'-pmGpppG。其过程需磷酸解、磷酸化和碱基的甲基化。mRNA由hRNA加工而成。真核生物基因由内含子隔断编码序列的外显子，是断裂基因。内含子一般也出现在转录初级产物hRNA。切除内含子，把外显子连结在一起，就是剪接加工。在电镜下看到加工过程，内含子往往被弯曲成套索状，因此称为套索RNA。知道剪接加工中，需要由多种Sn-RNA与蛋白质共同组成的并接体。并接体和hnRNA上的内含子边界序列辨认结合。剪接过程先由含鸟苷酸的酶提供3'-OH对其中内含子5'-端的磷酸二酯键作亲电子攻击使其断裂。断裂的外显子3'-OH对内含子3'-端的磷酸二酯键作亲电子攻击，使刚断出的外显子完全置换了内含子，两个外显子就相连起来，因此这个过程称二次转酯反应。
2．tRNA转录后加工
tRNA的转录后修饰，除了剪接加工外，还包括tRNA链上稀有碱基的形成，以及加上3'端的CCA序列。
3．rRNA的转录后加工
rRNA加工多采用自我剪接的形式。自我剪接的RNA本身形成一种特别的二级结构，称为锤头结构。锤头结构是指复合的茎环组成形态，但其中某些序列上必需是特定的碱基所占据。这种RNA结构，不需要任何蛋白质，就可以水解RNA链上某一特定位点的磷酸二酯键。也就是说，这是一种起催化作用的RNA，现称为核酶。核酶的发现，对酶学、分子生物学，进化生物学都是重要的理论更新，而且，医学上已开始利用人工设计的核酶，去消灭一些作为病原体的RNA病毒或消除一些不利于生命活动的细胞内RNA。
基本概念：
1．剪接修饰：RNA转录初级产物含有非编码组分，通过剪接除去非编码组分，把编码组份连接起来。剪接修饰最常见的是靠并接体协助的二次转酯反应，此外还可有自我剪接及需酶的剪接等剪接方式。
2．外显子：定义为断裂基因上及其转录初级产物上可表达的序列。或转录初级产物上通过拼接作用而保留于成熟的RNA中的核苷酸序列或基因中与成熟RNA相对应的DNA序列．
3．内含子：早期定义为核酸上的非编码序列。随着内含子功能的被拓宽，建议用转录初级产物上通过拼接作用而被去除的RNA序列或基因中与这种RNA序列相对应的DNA序列较全面。
4．并接体：由snRNA和蛋白质组成的核糖核酸蛋白（核蛋白）复合物。其功能是结合内含子两端的边界序列，协助RNA的剪接加工。
5．核酶（ribozyme）：具有催化功能（酶的作用）的RNA分子。核酶能起作用的结构，至少含有3个茎（RNA分子内配对形成的局部双链），1至3个环（RNA分子局部双链鼓出的单链）和至少有13个一致性的碱基位点。向左转|向右转

并在每条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶，辅因子的需求切位与作用方式，可将限制酶分为三种类型，简称限制酶，分别是第一型（Type I）。根据限制酶的结构、第二型（Type II）及第三型（Type III）不能，又催化非甲基化的DNA的水解。限制酶又称限制性核酸内切酶，专一对DNA起作用。限制性核酸内切酶是可以识别特定的核苷酸序列。III型限制性内切酶同时具有修饰及认知切割的作用。Ⅰ型限制性内切酶既能催化宿主DNA的甲基化；而Ⅱ型限制性内切酶只催化非甲基化的DNA的水解

解旋酶解旋DNA，然后由RNA聚合酶根据DNA序列来造出相应的mRna链，在蛋白质合成中起作用

般来讲是可以的.
不过这种类似的RNA酶清除剂是一种广泛的蛋白灭活剂,如果你配置处理的溶液要用于类似一些酶蛋白的溶液体系,那就不可以用RNA酶清除剂来处理了,否则会影响需要用到的酶的活性

2015年6月15日，北京大学生命科学学院伊成器研究组在《NatureChemicalBIOLOGy》杂志在线发表题为“Chemicalpulldownrevealsdynamicpseudouridylationofthemammaliantranscriptome”的研究论文（DOI:10.1038/nchembio.1836）。文章报道了一种通过化学标记和富集手段实现全转录组水平上假尿嘧啶RNA修饰的单碱基分辨率测序技术CeU-Seq，并绘制了人和小鼠细胞转录组中假尿嘧啶RNA修饰的谱图。

CeU-Seq绘制人及小鼠全转录组假尿嘧啶RNA修饰谱图。（a）CeU-seq流程图；（b）人细胞系及小鼠大脑和肝脏组织全转录组水平假尿嘧啶修饰分布；（c）转录组中假尿嘧啶修饰呈现出“刺激条件特异性”的特点。
转录后修饰在生命体中广泛存在（已发现100多种），而假尿嘧啶RNA修饰就是其中最主要的一种。假尿嘧啶在多种非编码RNA（tRNA、rRNA、snRNA等）上的功能与机制已有较多研究；然而，对于信使RNA（messengerRNA，mRNA）上假尿嘧啶的分布和潜在生物学功能，目前知之甚少。最主要的难题，就是如何实现假尿嘧啶在mRNA上的精准定位。
为了研究哺乳动物转录组中的假尿嘧啶修饰，伊成器课题组首先利用高分辨质谱对mRNA中的假尿嘧啶修饰进行定量，发现其广泛存在于各种细胞系及小鼠的组织当中，并且在哺乳动物mRNA中丰度相当高。该研究继而通过化学生物学、高通量测序等手段，发展了“CeU-Seq”—一种利用小分子化合物实现特异性标记与富集的假尿嘧啶高通量测序技术。利用这一技术，该研究成功实现了人细胞系以及小鼠（大脑与肝脏组织）全转录组水平的单碱基分辨率假尿嘧啶检测，发现在数千个mRNA与长非编码RNA（lncRNA）上都含有假尿嘧啶修饰。该研究进一步确定了多个可以作用于mRNA上的假尿嘧啶合成酶（其中PUS1、DKC1两种酶之前被发现与线粒体肌病、先天性角化不良等人类疾病相关），并且发现转录组中假尿嘧啶的含量与分布均会受到各种环境刺激的调控，呈现出“刺激条件特异性”的诱导修饰。因此，该研究不但揭示了假尿嘧啶的广泛存在、绘制了转录组中假尿嘧啶RNA修饰的高清谱图，也为这一转录后修饰参与基因表达调控的研究提供了重要工具、为近年来兴起的“RNA表观遗传学”领域提供了崭新的研究方向。
北京大学生科院博士生李笑雨（PTN-BBS联合培养项目）、生命中心博士生朱平、博士生马士清是这篇论文的并列第一作者，生命科学学院伊成器研究员是该论文的通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、科技部973计划和北大清华生命科学联合中心的资助。
原文链接:http://www.nature.com/nchembio/journal/vaop/ncurrent/full/nchembio.1836.html

DNA聚合酶的作用位点:3'-5'-磷酸二酯键
RNA聚合酶的作用位点:3'-5'-磷酸二酯键
DNA解旋酶的作用位点:DNA中互补碱基之间的氢键

来自瑞士日内瓦大学的J?rgMorf及其同事发现冷诱导的RNA结合蛋白（CIRP）的周期性积累会受到体温的调控，他们还发现CIRP赋予了昼夜节律振荡器的健壮性。
详情：http://www.bioku.cn/201212/science-cirp-circADIan-gene-clip-posttranscriptional-modification-fibroblast/
在哺乳动物组织中，节律基因的表达受到局部的振荡器或视交叉上核中生物钟主钟控制的系统信号的调控。本研究发现是受刺激的体温循环而不是外周振荡器，控制纤维母细胞中的冷诱导RNA结合蛋白（CIRP）的节律性表达。反过来，功能缺失性实验表明CIRP是高振幅的节奏基因表达所需的。利用基于生物素-链亲和素的交联和免疫沉淀反应（CLIP），本研究对CIRP结合的RNA进行了全转录组分析，发现了一些编码昼夜节律振荡器蛋白的转录物，包括CLOCK蛋白。此外，在CIRP缺失的纤维母细胞中，CLOCK的含量大大减少。因为在这些细胞中，CLOCK的异位表达提高了节律基因的表达水平，因此我们猜测CIRP通过调节CLOCK的表达水平赋予了昼夜节奏振荡器的健壮性。

六大类化学修饰：甲基化；去氨基化，硫代（S代替碱基的O分子），碱基的同分异构化（尿嘧啶变构生成假尿嘧啶）；二价键的饱和化；核苷酸的替代（用不常见的核苷酸替换常见的核苷酸）核酶
核酶（ribozyme）是指一类具有催化功能的RNA分子，通过催化靶位点RNA链中磷酸二酯键的断裂，特异性地剪切底物RNA分子，从而阻断基因的表达.
核酶的催化功能与其空间结构有密切关系，目前已知有多种特殊结构的核酶：
RNaseP的RNA碱基（M1 RNA）、锤头型、发夹型丁型肝炎病毒RNA、1类内含子和2类内含子，大多有hammerhead structure。
不同的核酶可分为两类：
1 剪切型核酶：只剪不接，如M1 RNA
2 剪接型核酶：该酶具有序列特异的内切核酸酶、RNA连接酶等多种酶活性，如1类和2类内含子向左转|向右转

1、焦碳酸二乙酯（DEPC）：是一种强烈但不彻底的RNA酶抑制剂，他通过和RNA酶的活性基因团组氨酸的咪唑环结合使蛋白质变性，从而抑制酶的活性。
2、异硫氰酸胍：目前认为是最有效的RNA酶抑制剂，它在裂解组织的同时也使RNA酶失活，它既可破坏细胞结构使核酸从核蛋白中解离出来，又对RNA酶有强烈的变性作用。
3、氧钒核糖核苷复合物：由氧化钒离子和核苷形成的复合物，它和RNA酶结合形式过渡类物质，几乎能完全抑制RNA酶的活性。
4、RNA酶的蛋白质抑制剂（RNasin）：从大鼠肝或人胚盘中提取得来的酸性糖蛋白.Rnasin是RNA酶的一种非竞争性抑制剂，可以和多种RNA酶结合，使其失活。
5、其他：SDS、尿素、硅藻土等对RNA酶也有一定的抑制作用。

这是因为做细胞周期的时候要用荧光染料染DNA，一次判断细胞DNA的相对含量。这些荧光染料，比如PI，可以染核酸，无法特异性的分别DNA和RNA。只有用RNA酶消化掉RNA后，才能消除RNA的干扰。不然DNA和RNA都会被染色。